副本系统是玩家获取战功、武将经验、装备和寨主经验的重要途径之一，多多挑战副本无疑是提高自己实力的不二之选。另外，还有免费招募到武将的机会哦。
《QQ水浒》的副本采用原著《水浒传》中的众多著名场景为蓝图，目前开放京东东路、江南东路、河西东路和京东东路四张大陆地图，每张地图设6个场景，由不同的天罡地煞把守，玩家需要有针对性的排兵布阵才能顺利通关。
点击家园界面中的“征战”进入副本地图
总地图中原大陆下目前开放四张地图：第一张大陆地图——京东东路、第二张大陆地图——江南东路、第三张大陆地图——河西东路和第四张大陆地图——京东西路。
点击任意一张大陆地图（如河西东路）可看到地图中有多个具体场景：饮马川、高唐州、少华山、祝家庄、曾头市、大名府。点击上方“返回中原大陆”可返回总地图，点击下方“江南东路”或“京东西路”按钮，可切换大陆地图。
点击进入少华山场景，首次挑战需要先接取任务，副本任务的推进是随主线任务的推进而展开的。打开左侧任务界面选择可接任务，能够看到有一个打败杨春的任务（前提是你已经通过饮马川副本）。
选择接受任务，在弹出的对话框中点击接受任务，后面的副本NPC就随之开启了。
如图所示，蓝色匕首指示的是任务目标NPC，红色匕首指示的是当前征战进度，打败一个NPC后，NPC头像会显示为哭泣状，没打败的NPC则为笑脸。
点击NPC头像可看到攻击与攻略两个选项，点击攻击则对NPC进行挑战，每次点击攻略则可查看最近挑战成功的十个玩家的战斗录像回放。
挑战NPC胜利可获得铜币、战功、武将经验及寨主经验奖励，成功战胜场景内所有NPC可获得通关奖励——通关宝箱，打开宝箱可获得一件装备，并开启该场景首领团。
每个场景都有精英NPC有几率掉落装备或装备碎片，掉落装备碎片的精英NPC在头像上有头盔、铠甲、披风、武器、坐骑的图标提示。普通玩家每日可挑战每个精英NPC6次，头目NPC 3次，星级玩家根据星级等级有次数加成，超过次数可用银票购买攻打次数。
精英NPC可使用连续攻击，连续攻击必胜。使用连续攻击也可按需减少或购买次数挑战，连续攻击每次挑战耗时30秒，可使用“一键”加速用银票立即完成挑战，也可中途按“取消攻击”停止挑战。
随着玩家等级的提升，副本进度的推进，可以挑战的副本也日渐增多，部分头目NPC被玩家击败后可以被直接招募，还有部分头目NPC需要打败一定次数后才能招募。
此外，副本进度决定了招募的武将种类，玩家只有通关更多的副本，才有资格招募到更极品的梁山好汉。